Der Wasser- und Abwasserzweckverband „Mittelgraben“ gliedert sich in drei Organe. Diese sind:
- die Verbandsversammlung
- den Verbandsvorsteher
- den Verbandsausschuss
Die Verbandsversammlung
Jede Mitgliedsgemeinde entsendet Vertreter in die Verbandsversammlung. Neben dem Bürgermeister werden weitere Vertreter entsandt, deren Zahl sich nach der den Festlegungen in der Verbandssatzung richtet. Sowohl die Gemeinde Michendorf als auch die Gemeinde Nuthetal entsenden insgesamt fünf Vertretungspersonen. Die Verbandsversammlung beschließt über alle wichtigen Angelegenheiten des Verbandes.
Vorsitzender der Verbandsversammlung ist Gerd Sommerlatte.